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遗传学约 16 分钟阅读

莱德伯格–塔特姆 1946:选择平板上的原养型证明细菌会重组

莱德伯格塔特姆接合营养缺陷原养型

1946 年 10 月 19 日,约书亚·莱德伯格与爱德华·塔特姆在 Nature 第 158 卷发表 Gene Recombination in Escherichia coli,页码 558。通讯时两人在耶鲁大学奥斯本植物实验室。对象不是红色面包霉里一步代谢对一个座位,也不是死菌提取物改写荚膜型。对象是一套杂交装置与它的读出:两株互补的大肠杆菌营养缺陷型在混合培养里相遇,选择平板上只允许原养型成菌落。新基因型出现了。细菌被写成可以重组基因的生物。

1947 年 6 月,塔特姆与莱德伯格在 Journal of Bacteriology 第 53 卷第 6 期给出完整实验表,页码 673–684。作者顺序对调,材料仍是大肠杆菌 K-12 的生化突变株。Nature 短讯把判决先公开;细菌学长文把互补标记、单独对照与混合培养的差别写清楚。两篇合读,才是 1946 年这张对象。本篇不写怎样配制培养基、怎样混合、怎样分离菌落。那些数字一旦写成步骤,证据对象就变成可照做的杂交手册。手册不是本篇要交付的东西。核酸进入细胞的分流是另一张实验表,本篇不写搅拌器。

破除误解:这不是一基因一酶,也不是转化,更不是培养手册

第一个误解,是把它写成 比德尔–塔特姆 1941 的续集。塔特姆这个名字会让教材把五年收成一章。1941 年的营养缺陷是代谢读出:缺什么、补什么、座位在哪里。1946 年的营养缺陷是选择标记:两株各自过不了基本营养这一关,合在一起却交出什么都能自己做的原养型。词同,对象不同。霉菌子囊里的 1:1,解释不了选择平板上为什么会出现父母都没有的基因型。本页停在细菌之间的基因搬家。搬家后来被叫做接合。1946 年自己写下的词是重组。

第二个误解,是把它写成 格里菲斯 1928 的型别转换,或写成 Avery–MacLeod–McCarty 的馏分表。格里菲斯问死的光滑型会不会把活的粗糙型改写成同一型。埃弗里问那张改写活性跟哪一类分子走。两者的材料是肺炎链球菌,读出是荚膜型,路径后来叫转化:环境里的游离物质进入感受态细胞。1946 年的两边都是活细胞。没有加热杀死的供体,没有 III 型提取物,没有酶管。型别来源不是互补营养需求。核酸是什么,不是两个活菌会不会交出重组体。

第三个误解,是把它写成实验室操作规程。混合、涂布、看见菌落,在论文里是为了让「单独不出现、合在一起才出现」交出对照。本篇要保存的是假说与读出的对应,不是体积、温度或照射程序。X 射线在文中是一种已经发生过的历史条件,用来得到营养缺陷株。诱变一旦写成配方,对象就从判决滑向手册。

第四个误解,是把它写成已经看见性菌毛、F 质粒或单向转移。1946 年证明的是:新组合的营养标记可以从两株活菌的混合中被选择出来。它没有证明 DNA 单链怎样穿过接触面,也没有把供体与受体写成不对称的角色。接触是否必需,要等戴维斯的 U 形管;方向与高频重组,要等海斯与 Cavalli-Sforza。本页若提前写入菌毛,就会用后文的机制图回填 Nature 那一页。机制图是后文。本页是选择平板。

第五个误解,是把它写成 卢里亚–德尔布吕克 的波动检验。波动检验问抗性何时进入可遗传状态,读出是培养物之间的散度。本页问两个已经可遗传的缺陷基因组会不会重新搭配,读出是选择平板上的原养型。时间表不是重组表。头奖解释不了为什么必须两株合在一起才长。原养型解释不了突变相对于筛子发生在何时。两张表都需要「细菌确有基因」,问的问题仍要分开写。

第六个误解,是把它写成 孟德尔 人物页的细菌版:豌豆已经证明因子是颗粒,这里只是换了材料。孟德尔数的是减数分裂之后可见性状的比例。1946 年的大肠杆菌看不见染色体配对,也没有子囊。颗粒性在这里表现为选择:多种独立的营养需求同时被满足,而且单独培养交不出同等频率。看得见的 3:1,解释不了基本培养基上那一圈原来不该存在的菌落。人物页讲发现者的一生;本页讲这一次杂交装置。

为什么要把重组交给选择平板

二十世纪四十年代,细菌还常常被写成没有真正遗传的生化工厂。它们分裂,它们适应,它们似乎不杂交。果蝇和红色面包霉已经把基因写成可定位、可对准一步反应的东西。大肠杆菌若只有突变、没有重组,基因在原核世界里就仍是比喻。要让比喻变成判决,必须让两种不同的缺陷在后代里重新搭配,并且让搭配留下肉眼可数的菌落。

营养缺陷在这里不是可怜的病株,是过滤器的钥匙。一株需要这一组补充才能长,另一株需要那一组。基本营养条件下,父母各自过不去。若重组从不发生,平板应保持空白。若发生了,只有同时拿回两边野生型标记的细胞才能成落。选择把极稀的事件从背景里提出来。论文报告的数量级大约是千万分之一。这个数本身不是操作指南。它说明:对象不是「培养物变强壮了」,而是一种稀有的基因型重排。

互补很硬。若只比较「有缺陷」和「没缺陷」,回复突变也能编故事。两株各带多重要求,单独时几乎不出现原养型,混合后出现,并且新细胞不再需要任何一边的补充——对手必须同时发明一种既只在混合时发生、又一次修好若干独立损伤的未知过程。回复突变越来越不像。转化提取物越来越不像,因为当时并没有一份无细胞滤液能代替活搭档。剩下的工作语言,就是重组。

莱德伯格当时还是哥伦比亚的医学生。塔特姆已经会用营养缺陷说话。1946 年的力量不在发明一种新的培养基口号,而在拒绝只用一株菌的回复来解释「细菌变好了」。一株菌的变好,可以是突变,可以是污染,可以是残留补充。两株菌的互补变好,才逼出杂交。

读出表:单独空白、混合出现、标记重新搭配

读出可以收成三栏,不必写成步骤。第一栏是单独。每一株营养缺陷型在基本条件下不形成可计数的原养型菌落,或只给出与回复突变相符的极低背景。这一栏只证明各株自己过不去。过不去还不是重组。许多衰弱都会让第一栏失败。

第二栏是混合。两株活细胞进入同一段培养史之后,再放到同样的选择平板上,原养型出现。出现的频率远高于把两株背景简单相加。这一栏证明:新能力依赖相遇,不依赖某一株自己「想通了」。相遇仍可以是污染、转化或细胞融合。第二栏是开关,还不是地图。

第三栏是标记。原养型不是只修好了某一个维生素需求,而是同时不再需要父母两边的补充。1947 年长文里的三重要求——例如一边是苏氨酸、亮氨酸与硫胺素,另一边是生物素、苯丙氨酸与胱氨酸——让「碰巧一次回复」变得极贵。多种标记一起回到野生型,像一份新的基因组合,不像一份更幸运的生理状态。组合才配得上「重组」这个词。状态可以是培养基里没洗干净的残渣。残渣解释不了为什么残渣只在混合之后、并以这种标记格局出现。

三栏必须一起读。只有单独不能长,故事可以是任何一种营养挑剔。只有混合后能长,故事可以是交叉喂养:一株漏出另一株要的东西。只有标记齐全,仍可能是两份回复叠在同一细胞里,只是概率已经不像。三栏合上,对手必须发明一种既要求两株活着相遇、又一次给出多标记野生型、又不能被无细胞滤液代替的过程。1946 年把这种过程叫做基因重组。后来的微生物学把它放进接合这条路径。当时的平板还看不见路径的管道。它只看见管道尽头那一圈原养型。

交叉喂养是当时必须挡住的解释。若甲株分泌乙株所需的补充物,乙株也可以在甲株身边假装被「重组」。选择平板上的原养型必须能够离开混合、在没有父母的基本条件下继续传代。能传代,才是基因型。不能传代,只是邻居的救济。论文要保存的是前者。救济不是基因。

K-12 在这里不是商标。它是一种已经能在成分清楚的营养条件下生长、又已经被做成多标记缺陷的材料。材料允许选择。选择允许看见千万分之一。看不见,重组仍可以存在,只是没有对象。有对象,细菌遗传学才从「它们会突变吗」改口成「它们的基因怎样搬家」。

它没有看见什么

它没有看见 DNA。营养标记是可遗传的开关,不是氮磷比,不是脱氧核糖核酸酶管。把 1946 年写成「已经知道细菌交换的是核酸」,会把洛克菲勒的纯化表和后文的噬菌体分流一并算进耶鲁。身份问题当时仍可以开放:搬家的可以是蛋白质、核酸,或尚未命名的颗粒。开放不是缺陷。缺陷是后来的教材用双螺旋回填这一页。

它没有看见接触的物理必然。混合培养证明相遇有关,没有把「滤液不能代替活细胞」写成已经完成的接触定理。戴维斯用 U 形管把液体相通、细胞隔开,原养型不再出现,接合才被收成接触依赖。那是 1950 年的另一张装置。本页的装置是选择平板,不是玻璃弯管。不要在 1946 年的菌落旁边画上菌毛。

它没有看见染色体图。中断交配、分钟地图、环状染色体,属于雅各布与沃尔曼之后的工作。1946 年只证明标记可以重新搭配。搭配还不是距离。距离需要时间与转移起点。起点需要 F 因子与高频重组株。那些名字若写进本页当高潮,对象就会从原养型滑向一张已经画好的环。环是后文。平板是本页。

它更没有给公共卫生写出耐药质粒的物流。接合后来成为多重耐药基因搬家的一条主干,那是质粒生物学的后文。1946 年的标记是氨基酸和维生素,不是抗生素。短讯只证明细菌不是遗传上的孤岛。

它也没有把「细菌有性生殖」证明成动物学意义的受精。重组可以极稀,可以不对称,可以只搬走质粒而不交换整本染色体。后来的机制图比 1946 年的口号更冷:常常是供体送出一份拷贝,受体收下,供体并不因此变成受体。教材若写「细菌也会结婚」,会把选择平板上的原养型写成婚礼。婚礼不是读出。读出是:父母都过不去的门槛,孩子过去了。

接受史:重组怎样被后文收成接合,又怎样必须拆开

论文发表后,营养缺陷很快从代谢探针改行为遗传标记。不是因为人人立刻接受「细菌有性」,而是因为这张读出可迁移:换另一组互补要求,仍然可以问新组合是否出现。提起迁移,只为说明 1946 年的开关可以被改写成单位,而不为提供任何培养步骤。没有「单独空白、混合出现」的判决,接合没有对象。

1958 年,莱德伯格因细菌基因重组获得诺贝尔生理学或医学奖。同一年的另一半给了比德尔与塔特姆,表彰的是基因通过确定的化学事件起作用。奖项把两个塔特姆参与过的对象并置,教材更容易把它们粘成一条英雄传。必须拆开:1941 年是霉菌里的代谢对齐;1946 年是细菌之间的基因搬家。对齐已经有自己的专页。本页领取的是搬家这一半,不是酶这一半。

接合随后被写成水平基因转移的三条路径之一,与转化、转导并列。并列是后文的分类学,不是 1946 年的观察清单。1946 年没有噬菌体邮车,也没有感受态摄取。它只有活细胞相遇与选择。把三条路径提前写进同一张幻灯,会让格里菲斯的死搭档和莱德伯格的活搭档互相兑现。死搭档改写型。活搭档交出重组体。兑现一次,对象就丢一次。

把 1946 年放进教材时,常见压缩会删掉读出器:巴斯德挡住看不见的输入,本页选择父母都过不去的平板。两章隔着仪器。

跨域连接

  • 巴斯德:鹅颈瓶挡住「你没看见的输入」,让浑浊不再被写成瓶子里的自然发生。选择平板挡住「父母自己过得去的生长」,让菌落不再被写成培养物变强壮。两种挡住都把怀疑写成可操作的对照:空气可入而尘被拦截,是一种过滤器;基本营养可在而缺陷株过不去,是另一种过滤器。过滤器失败,化学句和遗传句都不能开始。人物页讲发现者;本页讲这一次用平板做成的过滤器。
  • 比德尔–塔特姆 1941:红色面包霉把一步反应钉到一个座位上。营养缺陷在那里是代谢地图。同一类缺陷在 1946 年被改写成选择标记:地图上的缺口用来挡住父母,放出孩子。缺口的化学职务解释不了为什么必须两株合在一起才出现原养型。合在一起解释不了吡哆醇为什么能救某一株霉菌。塔特姆的名字不能当胶水。
  • 格里菲斯 1928:型别转换问死搭档会不会改写活细胞的荚膜型。本页问两个活的缺陷基因组会不会重新搭配。型跟着死菌走,解释不了为什么补不上的维生素在混合之后一起被补上。营养标记跟相遇走,解释不了荚膜多糖的血清学名字从哪里来。不要把「细菌会交换」收成同一张幻灯。
  • Avery–MacLeod–McCarty:1944 年问转化活性跟哪一化学馏分走。1946 年只问活细胞之间会不会出现新的基因组合。酶管不提供原养型,选择平板不提供氮磷比。先有「细菌确能重组」,化学鉴定才不是对一种表面抗原把戏的过度解释;先有 DNA 馏分,重组才知道搬家的可能是哪一类分子。两张表隔两年,对象不能并成一句「发现了基因」。
  • 卢里亚–德尔布吕克:1943 年判决抗性何时进入可遗传状态。本页判决的是已经可遗传的标记会不会在细胞之间重新搭配。散度解释不了互补。互补解释不了头奖。先有随机突变,重组才不是被环境当场教会的「需要什么就出现什么」;先有重组,突变才不只是一株菌内部的孤独事件。
  • 沃森:双螺旋解释存储与复制的几何。本实验不提供几何,只提供「可遗传差异可以在细菌之间重新搭配」。没有重组表,结构仍是一种细胞高聚物的晶体学;没有结构,重组还不知道写在哪一类分子上。人物页还要处理合作、数据来源与后来的争议。那些复杂性不取消 1946 年的三栏,它们标明三栏适用的层级:细菌遗传可以很像这张选择表;碱基配对的几何不像。
  • 水平基因转移:接合是活细胞接触后送 DNA 的路径之一。本篇提供这条路径在 1946 年的遗传学存在证明:互补缺陷可以交出原养型。路径的管道、质粒与菌毛、转导与转化,都不在 Nature 那一页里。不要把「细菌会交换基因」这句现代话,直接当作莱德伯格已经画出的网络。他证明交换在这一对标记上发生了。他没有画出医院里的耐药图。

参考文献

  1. Lederberg, J. & Tatum, E. L. “Gene Recombination in Escherichia coli.” Nature, 158, 1946, 558. DOI: 10.1038/158558a0
  2. Tatum, E. L. & Lederberg, J. “Gene Recombination in the Bacterium Escherichia coli.” Journal of Bacteriology, 53(6), 1947, 673–684. DOI: 10.1128/jb.53.6.673-684.1947

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